第二進院落是孔廟的中心院落，每逢祭孔大典，這里便鐘鼓齊鳴，樂舞升平，儀仗威嚴。大成殿是第二進院落的主體建筑，也是整座孔廟的中心建筑，是孔廟內最神圣的殿堂。
大成殿始建于大德六年（公元1302年），后毀于戰火，明永樂九年（公元1411年）重建，清光緒三十二年（公元1906年）將殿由7間擴建為9間。殿內金磚鋪地，內頂施團龍井口天花，其規制是中國封建社會的最高建筑等級，堪與故宮太和殿媲美。
殿中供奉孔子“大成至圣文宣王”木牌位，神位兩邊設有配享的“四配十二哲”牌位。神位前置祭案，上設尊、爵、卣、籩、豆等祭器均為清乾隆時的御制真品。大殿內外高懸清康熙至宣統9位皇帝的御匾，均是皇帝親書的對孔子的四字贊語，是珍貴的文物。
孔廟奉祀人物孔廟的第三進院落最具特色，由崇圣門、崇圣殿和東西配殿組 成獨立完整的院落，與前二進院落分割明顯而又過渡自然，反映出古人在建筑部局上的巧妙構思。這組建筑稱為崇圣祠，是祭祀孔子五代先祖的家廟。建于明嘉靖九 年（公元1530年），清乾隆二年（公元1737年）重修，并將灰瓦頂改為綠琉璃瓦頂。崇圣殿又稱五代祠，面闊五間，進深七檁，殿前建有寬大的月臺，月臺 三面建有垂帶踏步各十級。殿內供奉孔子五代先人的牌位及配享的顏回、孔伋、曾參、孟軻四位先哲之父的牌位。東西配殿坐落在磚石臺基上，面闊三間，進深五檁，單檐懸山頂，內奉程頤、程顥兄弟、張載、蔡沈、周敦頤、朱熹6位先儒之父。三進院落及其建筑有明確的建筑等級差別和功能區域劃分，和諧統一地組成一整套皇家祭祀性建筑群落，是我國古代建筑的杰出代表。
國子監
北京國子監坐落在北京東城區安定門內國子監街（原名成賢街）15號，與孔廟相鄰。國子監整體建筑坐北朝南，中軸線上分布著集賢門（大門）、太學門（二門）、琉璃牌坊、辟雍、彝倫堂、敬一亭。東西兩側有四廳六堂，構成傳統的對稱 格局，是我國現存唯一一所古代中央公辦大學建筑。
集賢門
是國子監的大門，門內院子東西設有井亭，東側的持敬門與孔廟相通。 進入國子監的第二門—太學門，就是國子監的第二進院落，里面有琉璃牌坊， 辟雍和彝倫堂。
